Zresztą na 1946 r. przypada największa aktywność podziemia zbrojnego na terenie Bocheńszczyzny (w samym tylko marcu zanotowano 21 incydentów zbrojnych, 31 marca w okolicach Łapanowa oddział „Salwy” zaatakował konwój PUBP i MO, wracający z zabezpieczenia wiecu agitacyjnego przed planowanym referendum, wynikiem czego zginęło 8 ubeków i milicjantów, w tym dowódca komendy powiatowej MO w Bochni, a 11 funkcjonariuszy i ochranianych przez nich działaczy partyjnych zostało rannych) i nie było potrzeba tworzenia kolejnych oddziałów zbrojnych.

Do nietypowych spraw, którymi chcieli się zając działacze WiN, była próba napisania kroniki działalności bocheńskiej AK, której żołnierze stali się w przeważającym stopniu kadrami nowej organizacji. Zamierzano w tym celu dotrzeć do archiwum po komendzie inspektoratu „Wieloryb”, w czym WiN ubiegło UB, przejmując dokumenty akowskie. „Lis” zawiesza działalność Pomimo, a może właśnie dlatego, że referendum 30 czerwca na ziemi krakowskiej, a więc także na Bocheńszczyźnie, przebiegło po myśli opozycji spod znaku PSL i WiN i mimo fałszerstw na ogromną skalę nie udało się zmazać niekorzystnego dla władz wyniku, położenie, w jakim znalazł się lokalny WiN, było coraz trudniejsze. Wiązało się to przede wszystkim z coraz sprawniej funkcjonującym aparatem bezpieczeństwa. UB ciągle poszerzało swą wiedzę operacyjną na temat działających struktur konspiracyjnych, a pomagało mu w tym ich pochodzenie. WiN został stworzony na bazie struktur akowskich (co świetnie było widać na przykładzie Bochni). Ciągle ci sami ludzie, te same kontakty, te same adresy melin i lokali kontaktowych – wszystko to powodowało, że liczba wsyp nie tylko pojedynczych ludzi, ale całych struktur rosła lawinowo. Do tego UB opanowała sztukę działań operacyjnych i coraz częściej dekonspirację podziemnych organizacji powodowali umieszczeni w nich agenci UB. O tym wszystkim wiedział dobrze Kornaś i w grudniu 1946 r., zapewne także pod wpływem oddolnych nacisków ludzi, którzy na swoich plecach czuli już oddech UB, podjął decyzję o zaniechaniu działalności. Po wysłaniu ostatniego, datowanego na grudzień raportu wywiadowczego, polecił Żabie i Arłamowskiemu spalić archiwum organizacji, przechowywane na terenie „Kamionek” sam natomiast pozostałe dokumenty zdeponował u swego brata Bolesława, który ukrył je w stodole obok domu, w którym mieszkał.

Działalność organizacji zamarła. Nikt z bocheńskich WiN-owców nie ujawnił się na podstawie amnestii, którą ogłoszono 22 lutego 1947 r. i dzięki której na terenie całego kraju wyszło z konspiracji ponad 76 tys. ludzi. Przeważył lęk przed represjami, utratą pracy. Sam Kornaś w kwietniu 1948 r. opuścił Bochnię i wyjechał do Wrocławia w poszukiwaniu lepiej płatnej pracy. Podobnie uczynił Strzałka, wyjeżdżając do Jeleniej Góry. Wydawało się, że kierownictwo bocheńskiej rady WiN-u już nigdy nie spotka się w jednym miejscu i czasie. A jednak… Długie ręce ludowej „sprawiedliwości” Do maja 1948 r. bezpieka nie miała żadnych szczegółowych wiadomości na temat organizacji i funkcjonowania WiN-u na terenie Bocheńszczyzny. Zmieniło się to po aresztowaniu Zbigniewa Zawiły „Rawy”, od którego (możemy się tylko domyślać, jakimi metodami) wyciągnięto informacje na temat personaliów kierownika „Spółdzielni”, czego wynikiem było aresztowanie 24 sierpnia 1948 r. Kornasia, którego osadzono w krakowskim WUBP. Zeznania Kornasia pozwoliły aresztować pozostałych członków kierownictwa Rady – ostatniego ujęto 6 września. Śledztwo prowadzone z kolei w stosunku do tych osób pozwoliło na wykrycie dalszych powiązań, wynikiem czego z 37-osobowej organizacji aresztowano łącznie 25 osób, a 12 udało się zbiec przed aresztowaniami. Czynności śledcze trwały do połowy grudnia 1948 r. 17 grudnia Ignacy Wilczak, oficer śledczy krakowskiego WUBP przeciwko 5 zatrzymanym: Kornasiowi, Włoskowi, Lasce, Strzałce i Żabie, skierował akt oskarżenia. Pomimo że członkowie Rady WiN bez wyjątku byli cywilami, zastosowano przeciwko nim paragrafy Kodeksu Karnego Wojska Polskiego, przyjętego dekretem PKWN we wrześniu 1944 r.